Untuk menjaga betul kredibilitas hasil sertifikasi maka proses sertifikasi LEI dibagi menjadi 5 tahapan, yang memisahkan antara proses pengambilan data dengan proses pengambilan keputusan. Di setiap proses yang krusial selalu melibatkan stakeholder di dalamnya.

Tahap 1: Mengirimkan aplikasi sertifikasi kepada Lembaga Sertifikasi yang sudah diakreditasi oleh LEI

Tahap 2: Pra-penilaian lapangan.
Penilaian atas dokumen pengusahaan hutan, pelingkupan lapangan, dan rekomendasi dari panel pakar untuk meneruskan atau menghentikan proses sertifikasi. Rekomendasi untuk meneruskan dapat berupa rekomendasi untuk menempuh proses sertifikasi bertahap atau langsung ke tahap penilaian lapangan.

Tahap 3: Penilaian Lapangan dan Masukan Publik.
Lembaga Sertifikasi melakukan penilaian lapangan dan memfasilitasi masukan publik sebagai bahan pertimbangan pengambilan keputusan bagi panel pakar.

Tahap 4: Evaluasi Kinerja dan Pengambilan Keputusan Sertifikasi
Panel Pakar mengevaluasi kinerja unit pengelola hutan berdasarkan dokumen yang dikumpulkan, laporan penilaian lapangan, dan masukan dari publik. Panel Pakar merumuskan rekomendasi atas evaluasi kinerja unit pengelola hutan.

Tahap 5: Keputusan Sertifikasi
Lembaga Sertifikasi menetapkan keputusan sertifikasi untuk diumumkan kepada publik. Lembaga Sertifikasi juga menetapkan periode penilikan atas unit pengelola hutan yang bersangkutan.
Jika ada keberatan ataupun claim atas keputusan sertifikasi, keberatan dapat diajukan kepada Lembaga Sertifikasi.