Badan Pelaksana LEI sebagai perangkat organisasi, berperan untuk mengelola kegiatan operasioal organisasi sehari-hari. Badan Pelaksana dipimpin oleh seorang Direktur Eksekutif yang dibantu oleh manajemen dan staf. Badan Pelaksana bertanggung jawab kepada MPA.

Susunan Badan Pelaksana LEI periode 2009-2013 adalah sebagai berikut:

Direktur Eksekutif : F. Agung Prasetyo
Direktur Program Pengembangan Sistem dan Standar: Alan Purbawiyatna

Bagian Pengembangan Sistem Sertifikasi
Manajer: Wahyu F. Riva
Staf: Restu Rahman

Bagian Pengembangan Konstituen dan FKD
Manajer: Luhut Simanjuntak

Bagian Komunikasi dan Advokasi
Manajer: Indra S. Dewi
Staf: Hayu Wibawa

Bagian Pengembangan Kapasitas dan Supporting
Manajer: Dwiyana Hendrawati
Staf: Hendi, Sondang Sinaga, Ishak Atmaja, Unang Wikarsa, Yadih

Bagian Keuangan dan HRD:
Manajer: Fery
Staf: Ana Agustin

Bagian Akreditasi dan Sekretariat MPA
Manajer: Gladi Hardiyanto
Staf: Atiek Yulis S.