Badan Pelaksana LEI sebagai perangkat organisasi, berperan untuk mengelola kegiatan operasioal organisasi sehari-hari. Badan Pelaksana dipimpin oleh seorang Direktur Eksekutif yang dibantu oleh manajemen dan staf. Badan Pelaksana bertanggung jawab kepada MPA.

Susunan Badan Pelaksana LEI periode 2009-2013 adalah sebagai berikut:

Direktur Program Pengembangan Sistem dan Standar (Caretaker Direktur Eksekutif): Alan Purbawiyatna

Sekretaris Direktur:
Retno Proborini

Communication Officer:
Indra Setia Dewi

Stakeholder Engagement Officer:
Hayu Wibawa

Capacity Building Officer:
Dwiyana Hendrawati

Community Forest Officer and MPA Secretariat:
Gladi Hardiyanto

Finance Officer and HRD:
Manajer: Fery
Staf: Erniawati

Supporting Staff:
Hendi, Sondang Sinaga, Ishak Atmaja, Unang Wikarsa, Yadih