LEI mengembangkan 2 jenis sistem sertifikasi ekolabel :

• Sistem sertifikasi ekolabel untuk pengelolaan hutan.
• Sistem sertifikasi lacak balak.

Sistem sertifikasi ekolabel untuk pengelolaan hutan dikembangkan untuk digunakan di areal hutan sumber bahan baku kayu.

Sistem sertifikasi lacak balak dikembangkan untuk mengetahui kebertelusuran bahan baku kayu yang digunakan dalam produk kayu berasal bersumber dari areal hutan yang lestari.

Lembaga Ekolabel Indonesia mengembangkan 3 set sistem sertifikasi ekolabel untuk pengelolaan hutan, berdasarkan tipe pengelolaan hutan yang ada di Indonesia :

• Sistem Sertifikasi Pengelolaan Hutan Alam Produksi Lestari.
• Sistem Sertifikasi Pengelolaan Hutan Tanaman Lestari.
• Sistem Sertifikasi Pengelolaan Hutan Berbasis Masyarakat Lestari.

Untuk menjaga kredibilitas, transparansi dan memastikan keterlibatan mulitpihak dalam penyusunan sistem sertifikasi, maka proses pengembangan sistem sertifikasi LEI melalui tahapan-tahapan tertentu, sebagai berikut :

1. Dokumen usulan sistem sertifikasi/amandemen diajukan oleh badan eksekutif LEI kepada Majelis Perwalian Anggota, sebagai LEI-I
2. Dokumen usulan sistem sertifikasi/amandemen dikonsultasikan dalam lokakarya dan/atau dengan para pihak terkait (stakeholders), sebagai konsultasi publik kesatu, dan dokumennya berstatus LEI-II.
3. Dokumen usulan/amandemen hasil konsultasi publik pertama diperbaiki oleh Komite Materi (Tim Ahli LEI), Kelompok kerja atau Tim Kecil yang dibentuk oleh LEI. Dokumennya berstatus LEI-III
4. Dokumen usulan/amandemen hasil perbaikan Komite Materi/Tim Kecil/Kelompok Kerja dikonsultasikan kembali dalam lokakarya dan/atau dengan para pihak terkait (stakeholders), sebagai konsultasi publik kedua. Dokumennya berstatus LEI-IV
5. Dokumen usulan/amandemen hasil konsultasi publik kedua disempurnakan kembali oleh Komite Materi yang diusulkan oleh LEI untuk diterima oleh stakeholders. Dokumennya berstatus LEI-V
6. Dokumen diajukan untuk mendapat persetujuan Majelis Perwalian Anggota, disebut Dokumen Final.